善化區(qū)在清朝時名臺南府安平縣灣里街設“巡司”統(tǒng)轄。甲午戰(zhàn)爭割讓臺灣后，日治時期:1895年(明治28年)改為“曾文兵站司令部”，管轄分為善化里東堡及西堡為行政管理區(qū)域。1896年(明治29年)地區(qū)劃歸于“曾文憲兵屯兵所”，同年實施民政改為“臺南市灣里辦務署”。1898年(明治31年)編入大目降(新化)辦務署，改為“灣里辦務支署”。1900年(明治33年)實施街莊社制度，分善化東區(qū)及西區(qū)，設區(qū)長統(tǒng)轄。1902年(明治35年)實施地方制度。兩區(qū)合并為“善化莊”置莊役場。1940年(昭和15年)6月17日升格為“善化街”設街役場。 二戰(zhàn)后國民于1946年(民國35年)1月20日臺灣省鄉(xiāng)鎮(zhèn)組織規(guī)程實施改為善化區(qū)，設善化區(qū)公所，本區(qū)劃分21里。

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